Antes de nada: Ubuntu no instala por defecto los compiladores (metidos en el paquete build-essential), así que toca hacer un
$ sudo apt-get install build-essential
Si queremos instalar un programa del que tenemos su código fuente deberemos compilarlo. Suelen venir en archivos comprimidos: zip, tar.gz, tar.bz2, tgz... y habrá que descomprimirlos primero ya sea gráficamente o desde consola.
Muchos programas tienen un archivo de ayuda readme o install que te ayudará a seguir los pasos correctos. Por defecto, los programas tienen un script llamado ./configure ; a continuación hay que darle las órdenes make y make install (como root), que se encargan de compilar e instalar. Con la orden ./configure nos avisará si tenemos todas las librerías y programas correctos, y si no habrá que descargarlas via synaptic.
Resumiendo (por consola):
$ sudo apt-get install build-essential //Esto sólo se hará la primera vez
$ tar xvzf archivo.tar.gz //Descomprime a la carpeta archivo
$ cd archivo //Entramos a la carpeta descomprimida donde esté
$ ./configure //Estar atento a los posibles errores, son de gran ayuda
$ make
$ sudo make install
Hay otros programas que se instalan de otra forma (normalmente no llevan el script configure) para ello hay que leer el archivo de texto.
Normalmente los programas que instalas desde synaptic están precompilados, y son autoinstalables. En general son buena solución, pero cuando se trata de hardware pueden fallar y habrá que compilar.
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